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北京同仁医院以医院综合医疗为主体，北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所为附属科研机构，形成 “一院三所”发展格局，成为集医疗、教学、科研、预防、国际交流五位一体的医疗科研联合体。眼科、耳鼻咽喉科为国家临床重点学科，变态反应(鼻过敏)科为国家临床重点专科，中医眼科学为中医重点学科。
北京同仁医院拥有教育部重点实验室1个，工信部重点实验室1个，北京市重点实验室5个;工程研究中心1个，省部级工程研究中心4个;省部级国家科技合作基地2个，北京实验室1个。医院是全国防盲技术指导组和防聋治聋技术指导组组长单位，设有世界卫生组织防盲合作中心和世界卫生组织防聋合作中心，作为国际眼库协会会员单位，设有北京同仁眼库。
北京同仁医院眼底科现有在职主任医师11人，副主任医师14人，是国内规模大、综合实力强的眼底病团队。团队骨干拥有各自明确的临床专长和相关研究方向，在视网膜脱离、糖尿病视网膜病变、高度近视、黄斑部疾病、眼底肿瘤等多种常见及疑难复杂眼底病的临床治 疗领域处于国际前沿。
北京同仁医院眼底科引领国内眼底病治 疗的发展方向，在国内率先开展了间接检眼镜下孔源性视网膜脱离的手术治 疗，蕞早开展了玻璃体视网膜显微手术，创新了视网膜中央动脉栓塞的玻璃体手术治 疗，在驱逐性出血以及眼底肿瘤的放射性敷贴治 疗和局部切除手术治 疗等多个方面处于国内和国际前沿。