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北京同仁医院以医院综合医疗为主体，北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所为附属科研机构，形成 “一院三所”发展格局，成为集医疗、教学、科研、预防、国际交流五位一体的医疗科研联合体。眼科、耳鼻咽喉科为国家临床重点学科，变态反应(鼻过敏)科为国家临床重点专科，中医眼科学为中医重点学科。
北京同仁医院作为首都医科大学第四临床医学院，医院承担着重要的教学任务;首都医科大学北京眼科学院和耳鼻咽喉科学院设在医院内。医院现有研究生学位点28个，其中博士学位点13个;硕士研究生导师163名，其中博士研究生导师67名，国家住院医师规范化培训专业基地16个。2012年以来，医院获批项目(课题)243项，获省部级及以上(含社会力量奖)31项，其中国家奖3项。
黄斑病变：如年龄相关性黄斑变性、黄斑裂孔等。年龄相关性黄斑变性是老年人常见的眼病，严重时可能导致中心视力丧失。黄斑裂孔则可能导致视力下降，甚至失明。
玻璃体视网膜疾病的临床工作是眼底病专业的核心工作方向和职责所在。年门诊量近19万人次，年手术量1.4万人次，高难度3-4级手术占比>97%。北京同仁医院眼底科在糖尿病视网膜病变、年龄相关性黄斑变性、视网膜静脉阻塞、视网膜脱离、脉络膜黑色素瘤等各类眼底疾病的诊疗方面具有丰富的经验。